AGIQ ResonDock Enterprise
Квантово‑вдохновлённый GPU‑движок для ультрабыстрого виртуального скрининга (Drug Discovery)

ResonDock — это высокопроизводительная система молекулярного докинга и предскрининга библиотек соединений,созданная для задач Drug Discovery: поиска молекул‑кандидатов (лигандов),которые наиболее вероятно связываются с белком‑мишенью.

Вместо традиционного “последовательного” перебора на CPU,ResonDock использует квантово‑вдохновлённый резонансный поиск и массовый параллелизм GPU, что позволяет проводить скрининг сотен тысяч соединений в разумные сроки на одном сервере.

—

Для чего предназначен ResonDock
ResonDock применяется на этапе Virtual Screening / Hit Discovery,когда нужно быстро отсечь “шум” и выделить Top‑K соединений для дальнейшего анализа:

первичный скрининг больших библиотек (SDF)
быстрый ранжирующий докинг (coarse docking / pre‑docking)
генерация кандидатов поз (pose proposal) перед точным rescoring/MD/FEP
ускорение итераций гипотез в медхимии (быстрый feedback loop)

—

Что делает программа
1) Загружает protein PDB (мишень)
2) Загружает ligand SDF library (тысячи/десятки тысяч/сотни тысяч лигандов)
3) Строит энергетические grid‑карты взаимодействия (один раз на белок)
4) Выполняет GPU‑докинг по каждому лиганду и выдаёт:
BestScore (оценка качества связывания в текущей модели)
время обработки на лиганд
(опционально) best state/pose для экспорта и визуализации

—

Как работать (быстрый старт)
Open PDB — откройте белок‑мишень в формате .pdb
Open Ligand SDF Library — откройте библиотеку лигандов .sdf (желательно с 3D‑координатами)
Build Grid — построение grid‑карт (кэшируется,делается один раз на белок/box)
Настройте параметры:
– Population (популяция)
– Iterations (итерации)
– Seed (повторяемость)
Run Batch — запуск скрининга
Вкладка Results — таблица результатов,экспорт CSV/поз.

—

Почему это так быстро: квантово‑вдохновлённый GPU‑резонансный подход

1) Массовый параллелизм на видеокарте
ResonDock выполняет оценку огромного числа поз одновременно. Один запуск GPU‑ядра обрабатывает всю популяцию:

dev.For(population,new ResonDockKernel(…));

При population = 1,048,576 это более миллиона параллельных потоков на GPU для одного шага поиска.

2) Предвычисленные энергетические grid‑карты
Оценка позы — это быстрые чтения из заранее рассчитанных карт:

Steric (repulsion)
Attraction (gaussian)
H‑bond donor/acceptor (упрощённые карты)
Hydrophobic

Вместо вычисления “атом‑атом” на лету, ResonDock делает O(1) выборку по сетке (с трилинейной интерполяцией).

3) Квантово‑вдохновлённая динамика поиска (Resonance Search)
Вместо классического последовательного перебора используется резонансная популяционная эволюция:

притяжение к лучшим состояниям (adopt)
контролируемая стохастическая мутация (thermal mutation)
быстрый “пробег” по энергетическому ландшафту

Это похоже на работу физического оптимизатора/аннилинга: система не перечисляет варианты, а согласованно “схлопывается” к устойчивым состояниям.

—

Производительность (реальные цифры)
Тест: 6LU7 (PDB),grid 67×82×76 (~417k точек),лиганды ~12–14 атомов
GPU: RTX 3090
Параметры: Population=1,048,576, Iterations=1,500

Текущая скорость: ≈ 0.78 лигандов/сек
То есть:

~46–47 лигандов/мин
~2,800 лигандов/час

Оценка времени на 100,000 лигандов

100,000 / 0.78 ≈ 128,205 секунд ≈ 35.6 часов

Итого: 100k лигандов за ~1.5 суток на одном GPU‑сервере.

—

Пример расчёта для AutoDock Vina (ориентир)
Если взять оптимистично 100 сек/лиганд:

100,000 × 100 сек = 10,000,000 сек ≈ 115.7 дней

ResonDock:~35.6 часов ≈ 1.48 дня

Это соответствует ускорению порядка десятков–сотен раз (зависит от настроек Vina/exhaustiveness,железа и постановки).

—

Требования
Windows (x64)
видеокарта с поддержкой GPU Compute (NVIDIA GeForce/RTX,профессиональные карты)
рекомендуется: RTX 3060 и выше
для больших библиотек: достаточно RAM/SSD для хранения SDF и результатов

—

Качество и валидация
ResonDock создавался как быстрый pre‑screening / pose proposal слой.
Для “фарма‑уровня” качества мы рекомендуем стандартный pipeline:

1) ResonDock: быстрый отбор Top‑K
2) точный докинг/локальная оптимизация (например Vina/Glide) или rescoring
3) (опционально) MD / FEP для финальных кандидатов

—

Скачать и купить
Скачать программу
Купить ключ

Тестовые ключи
Для тестов, пилотов и интеграций мы выдаём бесплатный тестовый ключ по запросу.
Напишите нам: vipvodu@yandex.ru 

—

AGIQ ResonDock Enterprise — это практичный квантово‑вдохновлённый GPU‑движок,который делает возможным виртуальный скрининг 100k+ соединений в сроки,которые раньше требовали CPU‑кластеров и недель расчёта.